Изотермическая амплификация против латеральной проточной против лабораторной ПЦР: выбор правильного теста на инфекционные заболевания у собак и кошек

Что на самом деле обнаруживает каждый метод

Анализ латерального потока (LFA) обнаруживает белок. Антитела, зафиксированные на нитроцеллюлозной полоске, захватывают вирусный или паразитный антиген из образца или собственные антитела животного против патогена, а цветной конъюгат делает захват видимым в виде линии. Считывание двоичное и визуальное.

Лабораторная ПЦР и изотермическая амплификация у кресла позволяют обнаружить нуклеиновую кислоту. Праймеры связывают уникальную для патогена последовательность, фермент копирует ее, и по мере размножения копий накапливается флуоресцентный сигнал. ПЦР в реальном времени делает это путем изменения температуры; изотермические методы (LAMP, RPA, RHAM и связанные с ними химические методы) делают это при одной температуре, что позволяет инструменту сжиматься до размеров руки.

Последствие является фундаментальным: белок присутствует только тогда, когда в месте отбора пробы выделяется достаточное количество неповрежденного патогена, тогда как нуклеиновую кислоту можно обнаружить раньше при инфекции, при более низких нагрузках и в хвосте выделения после исчезновения антигенного сигнала. Это единственное отличие объясняет большую часть разницы в чувствительности, обсуждаемой ниже.

Аналитическая и клиническая чувствительность

Аналитическая чувствительность – это то, насколько мало тест может обнаружить в чистом образце. Кассетам с боковым потоком парвовируса собак требуется от сотен тысяч до миллионов вирусных частиц на грамм фекалий, прежде чем появится линия; тесты на нуклеиновые кислоты обнаруживают от нескольких сотен до нескольких тысяч копий на реакцию. У реальных пациентов это означает клиническая чувствительность, и опубликованные сравнения показывают, что чувствительность фекального антигена к парвовирусу собак составляет где-то между 50 и 80 процентами по сравнению с ПЦР, в зависимости от дня заболевания, со специфичностью выше 95 процентов. Проще говоря, кассета редко лжет в случае положительного результата, но пропускает значительную долю истинных инфекций.

Для изотермической платформы в кабинете врача проверочные исследования, размещенные на нашей странице клинических испытаний, сообщают о чувствительности от 94,4 до 97,0 процентов по сравнению с лабораторной кПЦР для всех оцениваемых анализов со специфичностью на уровне 100 процентов или около него. Это помещает его в пределах нескольких точек от лаборатории, на консультативном столе, за один и тот же визит.

Окно обнаружения

Антиген появляется, когда выделение достигает пика, и исчезает, когда оно падает, поэтому кассета, считываемая в первый день клинических признаков или на седьмой день, может быть отрицательной у животного, которое было сильно положительным на третий день. Нуклеиновую кислоту можно обнаружить на поздней стадии инкубации и в период выздоровления. Для котенка, чихание которого началось вчера, или собаки, у которой диарея началась неделю назад, молекулярный тест — это просто просмотр более широкого окна.

Кассеты с антителами имеют противоположный профиль: они становятся положительными через одну-три недели после заражения и остаются положительными в течение месяцев или лет. Они отвечают: «Встречалось ли это животное с возбудителем или вакциной», что полезно для проверки иммунитета и FIV, но не для того, «заразно ли это животное сегодня».

Мультиплексирование и синдромный случай

Хрестоматийным примером являются заболевания верхних дыхательных путей у кошек. Калицивирус, герпесвирус, Mycoplasma felis, Chlamydia felis и Bordetella bronchiseptica вызывают одинаковое чихание, выделения и конъюнктивит, а также часто встречается коинфекция. Кассета с одной целью не может решить эту проблему; лабораторная комиссия может, но через два дня; изотермическая карта с шестью целями решает проблему во время консультации и позволяет врачу выбирать между противовирусным препаратом, доксициклином или поддерживающим лечением до ухода владельца.

Та же история с инфекционными респираторными заболеваниями собак: чума, парагрипп, аденовирус 2 типа, грипп, бордетелла и микоплазма. В желудочно-кишечных панелях парвовирус и коронавирус сочетаются с лямблиями и тритрихомонадами. Ценность панели не в одном дополнительном патогене; дело в том, что врач перестает гадать, какой тест купить.

Обработка, рабочий процесс и стоимость за ответ

Кассета является самым дешевым и самым быстрым инструментом для каждого теста, и это правильный инструмент, когда вероятность предварительного теста высока, ответ двоичный и отрицательный результат в любом случае будет подтвержден. Лабораторная панель является самой дорогой за тест с учетом доставки и повторной консультации, и это правильный инструмент, когда требуется количественный анализ, необычная мишень или секвенирование. Изотермическая карта находится между ними по цене и превосходит обе по стоимости ответа, когда альтернативой является кассета с последующей отправкой или лечение слепого пациента с последующим повторным визитом.

В рабочем процессе клиники чувствуют разницу. Для карты необходим тампон, буферная пробирка и пипетка; нет экстракции, подготовки реагентов и манипуляций с ампликонами, поскольку карта запечатана. Медсестра может им управлять. Док-станция сообщает системе управления практикой через Wi-Fi или USB.

Где изотермия не заменяет лабораторию

Количественная оценка (мониторинг вирусной нагрузки, ответ на лечение), секвенирование и маркеры устойчивости, мишени, которых нет ни на одной карте, а также судебно-медицинское или нормативное подтверждение остаются лабораторной работой. Качество образцов по-прежнему ограничивает каждую платформу: сухой мазок, взятый не с того участка, везде дает отрицательный результат. И собственная проверка платформы применяется к целям, для которых она была проверена, а не к каждому анализу в отдельности; попросите исследование на интересующий вас возбудитель, и мы его вышлем или скажем, что его не существует.

Практическое правило принятия решений

Высокая предварительная вероятность, одиночный патоген, бинарное решение: латеральный поток. Синдромальная картина, решение о лечении сегодня, владелец вряд ли вернется: изотермическая карта. Нужен номер, редкая мишень, последовательность или юридически обоснованный результат: лабораторная ПЦР. В большинстве клиник в конечном итоге используются все три препарата, и дистрибьютор, который может предоставить все три препарата из одного каталога с проверочными данными для каждого, является тем, кто ведет учет.

Написано командой разработчиков Medicare Vet на основе данных производителя, рекомендаций WOAH и опубликованных подтверждений. Не заменяет ветеринарную или лабораторную консультацию на вашем рынке.